A.A. 2019-2020

CORSO DI METODI MOLECOLARI E BIOINFORMATICA
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. STEFANIA BORTOLUZZI, Dr. GIANLUCA OCCHI

Collaboratori: Dr. Alessandro Coppe, Dr. Enrico Gaffo, Dr.ssa Giorgia Ferlazzo, Dr.ssa Jessica Ponti

Il corso, al I semestre, consisterà in 56 ore di lezione frontale (7 crediti) e 64 ore di laboratorio/esercitazione (4 crediti), per un totale di 11 crediti, equamente distributi tra le due parti.

Presentazione del Corso

ESAMI

Voti parziali BIOINFO 21 gennaio 2020

	LEZIONI	MATERIALE
	Breve introduzione e concetti di base relativi alla biologia molecolare del gene	Diapositive lezioni
	Le tecnologia del DNA ricombinante	Diapositive lezioni Diapositive lezioni Diapositive lezioni Diapositive lezioni
	Tecniche di sequenziamento e marcatori molecolari in biologia evoluzionisti	Diapositive lezioni
	Studio della variabilità e della funzionalità genica mediante mutagenesi	Diapositive lezioni
	Tecniche di Genome Editing	Diapositive lezioni
	Metodologie di analisi delle macromolecole mediante blotting (Northern, Southern, Western)	Diapositive lezioni
	Introduzione alla transgenesi animale e vegetale	Diapositive lezioni
	ESERCITAZIONI	MATERIALE
	I esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	II esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	III esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	IV esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	V esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	VI esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida
	VII esercitazione METODI MOLECOLARI	Guida

	LEZIONI	MATERIALE
	Introduzione al corso	Diapositive lezioni
	Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).	Diapositive lezioni
	Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST.	Diapositive lezioni Diapositive lezioni
	Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.	Diapositive lezioni
	Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecole. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.	Diapositive lezioni
	Introduzione al sequenziamento e all'annotazione del genoma. Risorse genomiche. Sequenziamento NGS. Genome sequencing (de novo) e resequencing. Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS.	Diapositive lezioni
	RNA-seq: sequenziamento e analisi del trascrittoma in specie modello e non modello.	Diapositive lezioni
	ESERCITAZIONI	MATERIALE
	I esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	II esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	III esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	IV esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	V esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	VI esercitazione BIOINFORMATICA	Guida
	VII esercitazione BIOINFORMATICA	Guida

	JOURNAL CLUB	MATERIALE
	Date da definire	FORM X ORGANIZZAZIONE (GRUPPI/STUDENTI/ARTICOLI)

Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>