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A.A. 2018-2019

CORSO DI METODI MOLECOLARI E BIOINFORMATICA
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. STEFANIA BORTOLUZZI, Dr. GIANLUCA OCCHI

Collaboratori: Dr. Alessandro Coppe, Dr. Enrico Gaffo, Dr.ssa Giorgia Ferlazzo, Dr.ssa Jessica Ponti

Info sul corso

Il corso, al I semestre, consisterà in 56 ore di lezione frontale (7 crediti) e 64 ore di laboratorio/esercitazione (4 crediti), per un totale di 11 crediti, equamente distributi tra le due parti.
Presentazione del Corso

Esami

Programma e materiale didattico

PARTE DI METODI MOLECOLARI

LEZIONI MATERIALE
Breve introduzione e concetti di base relativi alla biologia molecolare del gene Diapositive lezioni
Le tecnologia del DNA ricombinante Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Tecniche di sequenziamento e marcatori molecolari in biologia evoluzionisti Diapositive lezioni
Studio della variabilità e della funzionalità genica mediante mutagenesi Diapositive lezioni
Tecniche di Genome Editing Diapositive lezioni
Metodologie di analisi delle macromolecole mediante blotting (Northern, Southern, Western) Diapositive lezioni
Introduzione alla transgenesi animale e vegetale Diapositive lezioni
ESERCITAZIONI MATERIALE
I esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
II esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
III esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
IV esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
V esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
VI esercitazione METODI MOLECOLARI Guida
VII esercitazione METODI MOLECOLARI Guida

PARTE DI BIOINFORMATICA

LEZIONI MATERIALE
Introduzione al corso
Diapositive lezioni
Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).
Diapositive lezioni
Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST. Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.
Diapositive lezioni
Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecole. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.
Diapositive lezioni
Introduzione al sequenziamento e all'annotazione del genoma. Risorse genomiche. Sequenziamento NGS. Genome sequencing (de novo) e resequencing. Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS. Diapositive lezioni
RNA-seq: sequenziamento e analisi del trascrittoma in specie modello e non modello. Diapositive lezioni
ESERCITAZIONI MATERIALE
I esercitazione BIOINFORMATICA Guida
II esercitazione BIOINFORMATICA Guida
III esercitazione BIOINFORMATICA Guida
IV esercitazione BIOINFORMATICA Guida
V esercitazione BIOINFORMATICA Guida
VI esercitazione BIOINFORMATICA Guida
VII esercitazione BIOINFORMATICA Guida

PARTE COMUNE

JOURNAL CLUB MATERIALE
Date da definire
FORM X ORGANIZZAZIONE (GRUPPI/STUDENTI/ARTICOLI)

Contatti

Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>