A.A. 2020-2021
CORSO DI METODI MOLECOLARI E BIOINFORMATICA per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova
Docenti: Prof. STEFANIA BORTOLUZZI, Dr. GIANLUCA OCCHI
Collaboratori: Dr. Andrea Binatti, Dr.ssa Anna Dal Molin, Dr.ssa Giorgia Ferlazzo, Dr.ssa Jessica Ponti
Info sul corso
Presentazione del Corso
Programma e materiale didattico
PARTE DI BIOINFORMATICA
| LEZIONI | MATERIALE | |
| Introduzione al corso | Diapositive lezioni | |
| Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture). | Diapositive lezioni | |
| Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST. | Diapositive lezioni Diapositive lezioni |
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| Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee. | Diapositive lezioni | |
| Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecole. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA. | Diapositive lezioni | |
| Introduzione al sequenziamento e all'annotazione del genoma. Risorse genomiche. Sequenziamento NGS. Genome sequencing (de novo) e resequencing. Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS. | Diapositive lezioni | |
| RNA-seq: sequenziamento e analisi del trascrittoma in specie modello e non modello. | Diapositive lezioni | |
| ESERCITAZIONI | MATERIALE | |
| I esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| II esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| III esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| IV esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| V esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| VI esercitazione BIOINFORMATICA | Guida | |
| VII esercitazione BIOINFORMATICA |
Guida |
PARTE COMUNE
| JOURNAL CLUB | MATERIALE | |
| Date da definire | FORM X ORGANIZZAZIONE (GRUPPI/STUDENTI/ARTICOLI) |