A.A. 2016-2017

CORSO DI BIOINFORMATICA 2
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docente: Prof. STEFANIA BORTOLUZZI

Collaboratori: Dr. Alessandro Coppe e Dr. Enrico Gaffo

Il corso, al I semestre, consisterà in 32 ore di lezione frontale (4 crediti) e 32 ore di laboratorio (2 crediti), per un totale di 6 crediti.
Presentazione del Corso

	LEZIONI	MATERIALE
	Introduzione al corso	Diapositive lezioni
	Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).	Diapositive lezioni
	Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST.	Diapositive lezioni Diapositive lezioni
	Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.	Diapositive lezioni
	Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecole. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.	Diapositive lezioni
	Introduzione al sequenziamento e all'annotazione del genoma. Risorse genomiche. Sequenziamento NGS. Genome sequencing (de novo) e resequencing. Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS.	Diapositive lezioni
	RNA-seq: sequenziamento e analisi del trascrittoma in specie modello e non modello.	Diapositive lezioni
	JOURNAL CLUB	MATERIALE
	14/16 DICEMBRE 2016	FORM X ORGANIZZAZIONE (GRUPPI/STUDENTI/ARTICOLI)
	ESERCITAZIONI	MATERIALE
	I esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	II esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	III esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	IV esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	V esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VI esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VII esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VIII esercitazione Bionformatica 2	Guida

Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>