A.A. 2015-2016

CORSO DI BIOINFORMATICA 2
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. G. Valle e Prof. Stefania Bortoluzzi

Il corso, al I semestre, consistera' in 32 ore di lezione frontale (16+16, 2+2 crediti) e 32 ore di laboratorio (16+16; 1+1 crediti), per un totale di 6 crediti.
Presentazione del Corso

Prof. S. Bortoluzzi	LEZIONI	MATERIALE
	Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).	Diapositive lezioni
	Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similaritˆ, BLAST.	Diapositive lezioni Diapositive lezioni
	Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.	Diapositive lezioni
	Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.	Diapositive lezioni
Prof. G. Valle	LEZIONI	MATERIALE
	Evoluzione molecolare, determinazione delle distanze genetiche tra sequenze, filogenesi molecolare.	Diapositive lezioni
	Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Risorse Genomiche (Navigare i genomi: NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly.	Diapositive lezioni
	Genomica comparativa	Diapositive lezioni
	Metagenomica	Diapositive lezioni
Prof. S. Bortoluzzi	ESERCITAZIONI	MATERIALE
Dr. A. Coppe	I esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	II esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	III esercitazione Bioinformatica 2	Guida
	IV esercitazione Bioinformatica 2	Guida
Prof. G. Valle	ESERCITAZIONI	MATERIALE
Dr. G. Birolo	V esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VI esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VII esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VIII esercitazione Bionformatica 2	Guida

Giorgio Valle <giorgio.valle@unipd.it>
Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>