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A.A. 2015-2016

CORSO DI BIOINFORMATICA 2
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. G. Valle e Prof. Stefania Bortoluzzi

Info sul corso

Il corso, al I semestre, consistera' in 32 ore di lezione frontale (16+16, 2+2 crediti) e 32 ore di laboratorio (16+16; 1+1 crediti), per un totale di 6 crediti.
Presentazione del Corso

Orario

Esame finale

Programma e materiale didattico

Prof. S. Bortoluzzi LEZIONI MATERIALE
Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).
Diapositive lezioni
Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similaritˆ, BLAST. Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.
Diapositive lezioni
Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.
Diapositive lezioni
Prof. G. Valle LEZIONI MATERIALE
Evoluzione molecolare, determinazione delle distanze genetiche tra sequenze, filogenesi molecolare. Diapositive lezioni
Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Risorse Genomiche (Navigare i genomi: NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly. Diapositive lezioni
Genomica comparativa Diapositive lezioni
Metagenomica Diapositive lezioni
Prof. S. Bortoluzzi ESERCITAZIONI MATERIALE
Dr. A. Coppe I esercitazione Bioinformatica 2 Guida
II esercitazione Bioinformatica 2 Guida
III esercitazione Bioinformatica 2 Guida
IV esercitazione Bioinformatica 2 Guida
Prof. G. Valle ESERCITAZIONI MATERIALE
Dr. G. Birolo V esercitazione Bionformatica 2 Guida
VI esercitazione Bionformatica 2 Guida
VII esercitazione Bionformatica 2 Guida
VIII esercitazione Bionformatica 2 Guida

Contatti

Giorgio Valle <giorgio.valle@unipd.it>
Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>