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A.A. 2014-2015

CORSO DI BIOINFORMATICA 2
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. G. Valle e Dr. Stefania Bortoluzzi

Info sul corso

Il corso, al I semestre, consistera' in 32 ore di lezione frontale (16+16, 2+2 crediti) e 32 ore di laboratorio (16+16; 1+1 crediti), per un totale di 6 crediti.
Presentazione del Corso

Orario

Esame finale

Verifica scritta

Risultati (parziali) Appello fine corso (2 febbraio 2015)

Programma e materiale didattico

Dr. S. Bortoluzzi LEZIONI MATERIALE
Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).
Diapositive lezioni
Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similaritą, BLAST. Diapositive lezioni
Diapositive lezioni
Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.
Diapositive lezioni
Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.
Diapositive lezioni
Dr. S. Bortoluzzi ESERCITAZIONI MATERIALE
I esercitazione Bioinformatica 2 GUIDA
II esercitazione Bioinformatica 2 GUIDA
III esercitazione Bioinformatica 2 GUIDA
IV esercitazione Bioinformatica 2 GUIDA
Prof. G. Valle LEZIONI MATERIALE
Evoluzione molecolare, determinazione delle distanze genetiche tra sequenze, filogenesi molecolare. Diapositive lezioni
Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Risorse Genomiche (Navigare i genomi: NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly. Diapositive lezioni
Genomica comparativa Diapositive lezioni
Metagenomica Diapositive lezioni
Prof. G. Valle ESERCITAZIONI MATERIALE
IV esercitazione Bionformatica 2 Guida
V esercitazione Bionformatica 2 Guida
VI esercitazione Bionformatica 2 Guida
VII esercitazione Bionformatica 2 Guida

Contatti

Giorgio Valle <giorgio.valle@unipd.it>
Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>