A.A. 2014-2015

CORSO DI BIOINFORMATICA 2
per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA, Scuola di Scienze, Università di Padova

Docenti: Prof. G. Valle e Dr. Stefania Bortoluzzi

Il corso, al I semestre, consistera' in 32 ore di lezione frontale (16+16, 2+2 crediti) e 32 ore di laboratorio (16+16; 1+1 crediti), per un totale di 6 crediti.
Presentazione del Corso Verifica scritta

Risultati (parziali) Appello fine corso (2 febbraio 2015)

Dr. S. Bortoluzzi	LEZIONI	MATERIALE
	Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture).	Diapositive lezioni
	Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similaritˆ, BLAST.	Diapositive lezioni Diapositive lezioni
	Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee.	Diapositive lezioni
	Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecule. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading) e degli RNA.	Diapositive lezioni
Dr. S. Bortoluzzi	ESERCITAZIONI	MATERIALE
	I esercitazione Bioinformatica 2	GUIDA
	II esercitazione Bioinformatica 2	GUIDA
	III esercitazione Bioinformatica 2	GUIDA
	IV esercitazione Bioinformatica 2	GUIDA
Prof. G. Valle	LEZIONI	MATERIALE
	Evoluzione molecolare, determinazione delle distanze genetiche tra sequenze, filogenesi molecolare.	Diapositive lezioni
	Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Risorse Genomiche (Navigare i genomi: NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly.	Diapositive lezioni
	Genomica comparativa	Diapositive lezioni
	Metagenomica	Diapositive lezioni
Prof. G. Valle	ESERCITAZIONI	MATERIALE
	IV esercitazione Bionformatica 2	Guida
	V esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VI esercitazione Bionformatica 2	Guida
	VII esercitazione Bionformatica 2	Guida

Giorgio Valle <giorgio.valle@unipd.it>
Stefania Bortoluzzi <stefania.bortoluzzi@unipd.it>